Almeida alberga diversas espécies de fauna ameaçadas, tais como o lobo ibérico (Canis lupus signatus), o grifo (Gyps fulvus), a cegonha-preta (Ciconia nigra) e o milhafre-real (Milvus milvus). No próprio rio, a presença de lontras (Lutra lutra) e cágados (Mauremys leprosa) é bastante comum.